El origen de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales se remonta "al nacimiento mismo de la Universidad Nacional" e inicia su existencia como tal desde los primeros momentos de la acción de la Comisión que tuvo a su cargo la "Organización de la Universidad". Esta Comisión, entre sus primeras tareas, buscó fijar grandes Áreas del conocimiento humanístico y científico y luego confiar su desarrollo a diferentes Facultades. Una de ellas fue la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales y al Dipl. Enrique Góngora Trejos se le confió la tarea de organizar la Facultad; posteriormente se convertiría en su primer Decano.
Inicialmente contó con cuatro Unidades Académicas: Departamento de Biología, Departamento de Física, Departamento de Química y Escuela de Matemática, siendo esta última la única que tenía bajo su responsabilidad el desarrollo de carreras. A través de los años, al amparo de una adecuada y racional ejecución de Programas de Capacitación, con el esfuerzo y dedicación de jóvenes científicos que van alcanzando la maduración deseada, la Facultad crece y se desarrolla, se reorienta y empieza a pesar fuertemente en el ámbito institucional y nacional. Actualmente cuenta con seis Unidades Académicas: Escuela de Ciencias Biológicas, Departamento de Física, Escuela de Informática, Escuela de Matemática, Escuela de Química y Escuela de Topografía, Catastro y Geodesia.